色谱分离的心脏在柱子。同一台仪器换一根不同的柱子，分离效果可能天差地别；同一根柱子，用与不用心维护，寿命能差出数倍。气相色谱柱的选择与保养，是色谱工作者绕不开的功课。 选择从固定相类型入手，这是排序的首要原则。聚二甲基硅氧烷类固定相，按沸点规律分离烃类混合物，出峰顺序可预测；含氰丙基苯基等基团的固定相，适合醇、酯、酮类化合物的分离；聚乙二醇类固定相对含氧官能团的化合物保留明显，脂肪酸、溶剂残留的测定常用。原则是相似相溶，样品性质与固定相类型接近，选择性通常更好。
确定固定相后再定三要素：柱长、内径与液膜厚度。柱长增加，分离度上升但分析时间拉长；内径越小柱效越高，样品容量随之下降；膜厚的影响双向，厚膜保留挥发性组分、容量大，适合轻组分与低碳数气体，薄膜传质快、适合高沸点组分，流失也小。常规分析从中等规格起步，遇到具体分离难题再针对性调整。
老化是新旧柱子都要面对的操作。新柱启用前老化，固定相中残留的溶剂与低聚物需要高温赶出，否则基线不稳、鬼峰不断；久置或污染后的柱子也要老化再生。操作要点：载气先通气再升温，流量调至正常水平；升温程序从较低温度起步，分段升至不超过固定相的耐受上限，通常比分析方法上限高二十度左右；在目标温度保持数小时，观察基线平稳即可降温。老化时柱子出口不接检测器，避免流出物污染检测器。
日常使用延长柱子寿命的几条守则。样品过净化处理，脏样品走前处理柱；进样口衬管与石英棉定期更换，非挥发性物质积累后随载气缓慢下柱，是柱效衰减的主因；柱温箱升温程序的终点留出余量，方法开发时确认高沸点组分已流出，避免其在柱头富集；停机时先降温再关载气，柱内进空气会氧化固定相。
柱子两端加装密封帽存放，标签注明固定相、规格与使用起止日期，柱寿命档案与图谱质量对照分析，用数据说话。
色谱柱的领用与报废同样建账。新柱验收登记固定相型号与批号，启用日期与运行样品数实时更新；柱效下降到方法允许的下限即办理报废，不做无谓的续命。台账与图谱质量曲线对照，哪根柱子在什么阶段出问题，翻一翻便清楚。
